學園的師資堅強，有充滿愛心的學園長領導大家，還有”一元”(吳孟達飾)”二次”(林小樓飾)兩位導師教導學科及術科，及一位以刀鏟為武器，絕不准飯後有剩菜剩飯的食堂婆婆; 但是三位小朋友在他們的教導下，依然努力的找機會翹課、打工、偷懶、睡覺………

三位小朋殺在學習成為一流忍者的過程中，因一次偶然的機會中，引進了一位一心想要綁架別人，卻總是無法成功的青龍(許效舜飾)以及一位夢想要成為”超一流忍者”的倒楣大叔; 可是沒想到，這兩人在進入忍者學園後，一位成了”綁架大將”一位則引起了一場世紀忍者之戰。

但最可怕的是，在江湖上消失己久的毒竹派(毒竹派老大-翁虹飾)居然又重出江湖，忍者學園不幸成了他們的第一攻擊目標; 於是一向享譽學術界的忍者學園，面臨了極大的危險及挑戰………。