危急時刻，海港城南區分局警官吳英雄(趙又廷飾)與性格迥異的東區分局警探陳真(林更新飾)意外變成搭檔，一個憑直覺，一個求證據，再次挑戰更艱的不可能任務！兩人巧遇變成炸彈客的通緝犯徐達夫(黃渤飾)，三人身陷隧道爆炸與神秘組織的夾殺中，讓案情追查更加撲朔迷離…。就在全港備戰神秘邪惡力量之時，最大爆炸襲捲全城，造成電力中斷、飛機墜毀、捷運爆衝，整座城市陷入一片黑暗…。

九死一生之後，吳英雄和陳真才得知徐達夫懷有身孕的老婆(關穎飾)已被神秘組織挾持，並將她的身體作為生化武器「伊魯康吉」的活體試驗。而在三人背後，更駭人的陰謀即將引爆海港城，「夜行者」神秘組織啟動24小時內屠城的枯草計畫，全城封鎖後登場的就是生化病毒的全面擴散。