端午節前後，日月潭發生了一些玄妙的事，有人說在湖面看見了一隻靈巧無比，優雅美麗的白鹿;有人說邵族傳說中的「祖靈」，常會變化成貓頭鷹或白鹿來和族人會面。今年恰好是邵族祖先遷移日月潭滿兩百週年，邵族男女老幼莫不日日相盼，隆禮期待，每一個人都希望自己能親自見到「祖靈」，然後在神的授意下得到「祖靈」的祝福。傳說越來越盛，驚動了風景管理所，也吸引了記者來採訪。

年青的李台山，找上漂亮的管理所科員吳倩倩幫忙，兩人訪遍日月潭的各角落去捕捉美麗的傳說，數月相處漸生情愫，誰知半路殺出程咬金，酋長的女兒「袁麗蓮」愛上了李台山，於是一場三角戀愛搞的日月潭天翻地覆，似乎比「祖靈」的傳說還精采。

麗蓮為博台山好感，洩漏族中數百年的秘密，與「祖靈」見面的關鍵，就是族中寶物，一艘「古船」。

某日深夜，月滿水沙連之際，麗蓮約來台山，偷走「古船」划向湖心，誰知倩倩尾隨於後，且游泳跟蹤，船至湖心，突起大霧，船上兩人落水，幸好深具水性的倩倩救起台山登岸，麗蓮則不知去向。

才登岸駭異發現，時空倒退一百年!一百年前的水沙連，有一位美麗的公主毛拉雅，因為愛上了漢人「邱岳」，被族人禁閉珠山（光華島）。邱岳想盡辦法營救，卻遭歹徒殺害，因此，拉雅亦投湖自盡，酋長毛卡巴（拉雅之父）救了拉雅，卻救不回邱岳的生命。

台山、倩倩登岸時間，邱岳尚未遇害，台山盡一切努力想助邱岳一臂之力，然事逢其反。幸好邵族人將台山視為「祖靈」使者的化身。於是展開一場曲折離奇，精彩刺激的過程，台山為了促成拉雅與邱岳的愛情，卻被歹徒所制，生命危在旦夕，幸好麗蓮出現，伺機搭救台山與倩倩，再度偷「古船」，速馳湖心，回到現代，解決了大夥的生死危機。

回到現代的那一天，正好也是月滿水沙連，中秋之夜，族人與管理所為了三人的失蹤，正舉辦一場古禮的祭典大會，果其「祖靈」靈驗，三人再度從湖心出現，於是祭典變成慶祝的水沙連嘉年華，每個人都充滿歡笑與重逢的淚水，台山感謝上蒼讓他經歷了這一切，有道是「時空探秘水沙連，情緒漲到最高點」。 收合