1992年尹祺自加州大學畢業，畢業作為自編、自導的短片作品《L.A.阿杰》，曾獲邀參加美國紐約亞美國際影展和1992年台北金馬國際影展。翌年尹祺完成長篇電影劇本《在陌生的城市》，向中央電影公司遞送，《在》片改編自戴文采的同名短篇小說，透過中影申請獲得民國83年度國片輔導金。1997年原在中影擔任副董事長的徐立功退休，自組縱橫國際影視公司，基於先前的合作情誼，其後縱橫的出品包括輔導金電影《夜奔》、《心戀》和電視劇《歡喜人家》、《老魏》、《螢火蟲的寓言》、《軍官與面具》等，都邀請尹祺合作。

尹祺長年旅居美國，平時除返台拍片外，在美國與昔日加州大學同學合組了一剪接工作室，空閒時則不斷構思新劇本，其中改編自嚴歌苓小說的劇本《白蛇》為民國89年度優良電影劇本入選作品。尹祺的創作題材豐富且類型多元，屢獲多項國際影展觀摩。